Почвенные микробы, вызывающие заболевания у растений, человека и животных, называются почвенными патогенами. Инвазивные почвенные патогены влияют на полезные микробные сообщества почвы и ограничивают рост и продуктивность растений. Три важные группы микробов оказывают сильнейшее влияние на состав и функционирование экосистемы: почвенные патогены (грибы, бактерии и вирусы), почвенные патогенные паразиты (нематоды), мутуалистические симбионты и разложители.