Положительная мутуалистическая связь между растительными и грибковыми сообществами необходима для роста и повышения устойчивости растений-хозяев к патогенам. Основными потенциальными микоризными ассоциациями, обнаруженными у различных типов микоризных грибов, являются арбускулярная микориза, эктомикориза, эрикоидная микориза и микориза орхидей, играющая ключевую роль в динамике растительной и почвенной экосистемы. Пиросеквенирование корней — один из передовых методов, используемых для исследования грибковых сообществ, связанных с корнями.