Взаимодействия между растением-хозяином и его возбудителями (бактериями, грибами, вирусами, оомицетами и нематодами) описываются как взаимодействия растение-патоген. Для выведения растений, устойчивых к болезням, используются передовые генетические и статистические методы. Наиболее изученными фитопатогенами являются бактерии ( Pseudomonas syringae , Xanthomonas Campestris ), грибы ( Colletotrichum destructivum , Botrytis cinerea , Golovinomyces orontii ), оомицеты ( Hyaloperonospora spp. ), вирусные (вирус мозаики цветной капусты (CaMV), вирус мозаики томата (TMV)) и нематода ( Meloidogyne incognita , Heterodera schachtii ).