К организмам, вызывающим инфекционные заболевания, относятся грибы, оомицеты, бактерии, вирусы, вироиды, вирусоподобные организмы, фитоплазмы, простейшие, нематоды и растения-паразиты. Он включает изучение идентификации патогенов, этиологии заболеваний, экономического воздействия циклов болезней, эпидемиологии болезней растений, устойчивости растений к болезням, того, как болезни растений влияют на людей и животных, генетики патосистем и борьбы с болезнями растений.