Журнал «Физиология и патология растений» использует систему одинарного слепого рецензирования, при которой рецензенты знают личность авторов, но авторы не знают личности рецензентов. На каждую статью в каждом номере приходится минимум четыре рецензента.
Каждая представленная рукопись проходит предварительную проверку качества редакцией с последующим внешним рецензированием. Обычно предварительный контроль качества завершается в течение 7 дней и в основном касается формата журнала, английских стандартов и объема журнала.