Молекулярная протеомика - это раздел, изучающий протеомные геномные последовательности и их интерпретацию на молекулярном уровне. Это также включает изучение структурных и функциональных свойств белков и их экспрессии. Молекулярная протеомика помогает понять, как белок взаимодействует в различных метаболических путях, а также помогает его регуляторным механизмам, а также помогает понять различные заболевания с установлением различных биомаркеров.