Журнал физиологии и патологии растений

Идентификация и филогенетический анализ in vitro контаминантов банановых грибов на основе последовательности ITS-регионов

Анимасаун, Д. А.

Культура растительной ткани предлагает средства для быстрого производства безболезненных растений в больших количествах, однако заражение грибами является основным препятствием для его успешного применения. Это исследование охарактеризовало, идентифицировало и провело филогенетический анализ грибковых загрязнителей культивируемых in vitro бананов на основе последовательности областей межпространственного пространства (ITS). Геномная ДНК была извлечена из чистой культуры грибковых загрязнителей. Амплификация полимеразной цепной реакции и короткая последовательность Illumina были проведены с использованием праймеров ITS1 и ITS4. Нуклеотидные последовательности были выровнены для достижения консенсуса и сравнены с NCBI GenBank с помощью инструмента поиска базового локального выравнивания (BLAST). Анализ последовательностей с использованием программного обеспечения MEGA 7 при более высокой степени сходства идентифицировал пять видов Aspergillus spp., три вида Penicillium spp., по одному виду Fusarium, Trichoderma и Cladosporium в качестве загрязнителей. Общее генетическое расстояние между видами грибов составило 0,205, а максимальное составное правдоподобие замены нуклеотидов показало, что тиамин является наиболее стабильным. Грибы были сгруппированы в три основные группы с генетическим расстоянием 0,10, которые подразделялись на пять кластеров. Кластер и подкластер из пяти штаммов Aspergillus; основной кластер из трех штаммов Penicillium; кластер, состоящий из Fusarium chlamydosporum и Trichoderma viride; и единственный гриб Cladosporium tenuissimum. Группа Aspergillus была филогенетически связана с A. flavus и A. parrisclerotigenus, идентифицированные Penicillium spp были тесно связаны с Penicellium citrinum, в то время как обнаруженный Cladosporium совпадал с Cladosporium tenuissium и Phoma multirostrata. В исследовании делается вывод о том, что молекулярная идентификация грибковых загрязнителей устраняет недостатки традиционных методов, а предоставленная информация может быть полезна при разработке специального и эффективного протокола стерилизации для минимизации загрязнения во время процедуры культивирования in vitro.