Журнал физиологии и патологии растений

Разработка и валидация маркеров EST-SSR в Gymnema sylvestre R.Br.

Кулдипсингх А. Калария, Липи Пуджара, Дипал Минипара, Пармешвар Лал Саран, Рам Праснна Мина, Синора Макван, Поннучами Манивел

Известный своими антидиабетическими свойствами, Gymnema sylvestre, принадлежащий к семейству Asclepiadaceae, произрастает в лесах Южной Индии. Он также встречается в тропической Африке и Австралии. Все надземные части этого растения содержат алкалоиды, флавоны и сапонины, но листья в основном используются из-за его лечебных свойств. Сообщается о разнообразии, основанном на морфологических, анатомических и хемопрофилях, а также маркерах Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD) и Inter Simple Sequence Repeats (ISSR), однако генетическое разнообразие на молекулярном уровне через наиболее эффективные, экспрессируемые маркеры последовательностей-SSR (EST-SSR) в этом растении отсутствует. Были получены огромные данные транскриптома, и в этом исследовании было идентифицировано 5276 локусов SSR. Частота SSR в Gymnema sylvestre составила 1/12.16 кБ. Повторы AAG/CTT были почти в десять раз выше, чем повторы CCG/CGG. Всего было синтезировано 40 пар праймеров, и 27 праймеров дали полиморфную амплификацию в 25 генотипах G. sylvestre , собранных из разных частей Индии. Генотипы DGS 16 и DGS 34 были самыми непохожими генотипами. Это было первое исследование, выявляющее генетическое разнообразие и высокий полиморфизм в G. sylvestre с помощью маркеров EST-SSR, имеющих более высокую скорость переноса 67,5%. Было сообщено о беспорядочном распределении генотипов одного и того же состояния в разных кластерах, что может быть связано с тем, что G. sylvestre является важным лекарственным растением, которое люди используют с древних времен, и предполагается, что оно могло мигрировать в разные места.