Методика с использованием маркеров, также называемая селекцией с помощью маркеров (MAB), позволяет избежать этой проблемы за счет использования генетических маркеров, связанных с желаемым признаком. Как только они смогут идентифицировать генетическую последовательность, которая всегда связана с устойчивостью к болезням, они смогут это сделать. MAS может быть более эффективным, действенным и надежным, чем фенотипический отбор. Кроме того, MAS может значительно сократить время развития сортов, поэтому в некоторых случаях это будет более экономически эффективно, чем селекция на основе фенотипов. MAS также позволяет выводить сложные признаки, которые невозможно было реализовать с помощью предыдущих традиционных методов. Хотя MAS, конечно, не является панацеей от всех проблем, он представляет собой многообещающий подход к традиционной селекции растений.