Молекулярное моделирование позволяет ученым использовать компьютеры для визуализации молекул путем численного представления молекулярных структур и моделирования их поведения с помощью уравнений квантовой и классической физики.
Цель молекулярного моделирования — разработать достаточно точную модель системы, чтобы физический эксперимент не был необходим.
Молекулярное моделирование за последние десятилетия расширилось от инструмента для визуализации трехмерной базы данных .