Журнал прикладной биоинформатики и вычислительной биологии

Гомологическое моделирование

Моделирование гомологии, иначе называемое сравнительным моделированием белка, подразумевает разработку модели ядерной детерминации «объективного» белка на основе его аминокоррозионной последовательности. В моделировании гомологии мы проверяем трехмерную структуру родственного гомологичного белка («макет»). Выражение «демонстрация гомологии», также называемое подобным отображением или отображением на основе формата (TBM), относится к демонстрации трехмерной структуры белка с использованием известной предварительно определенной структуры гомологичного белка в качестве макета.

Структура белка, несомненно, окажет огромную помощь в исследовании способности белка, его прогресса, взаимодействия с лигандами и другими белками, и даже в фармацевтической промышленности при раскрытии структуры лекарств и описании лекарств. Отображение гомологии может дать исследователям-атомщикам и химикам-органикам структуры «низкой детерминированности», которые будут содержать адекватные данные о пространственном ходе действия основных отложений в белке и которые могут определять направление новых исследований.

Например, схема анализа мутагенеза, координируемого на местах, могла бы быть значительно улучшена, если бы можно было использовать такие модельные структуры «низкой детерминированности». Пробная иллюстрация структуры белка часто может откладываться из-за проблем с получением адекватного количества белка (клонирование, экспрессия и обеззараживание миллиграммовых количеств), из-за проблем, связанных с кристаллизацией, и даже кристаллографическая часть белка может превратиться в источник проблем. В этом контексте неудивительно, что системы, управляющие прогнозированием структуры белков, стали предметом большого интереса. Среди этих методов стратегия отображения гомологии чаще всего дает наиболее надежный результат. Использование этого метода обусловлено пониманием того, что два белка, принадлежащие к одному и тому же семейству и имеющие сравнительные аминокоррозионные последовательности, будут иметь сравнительные трехмерные структуры.