Журнал молекулярной биологии и методов

Постзиготическая мозаичная мутация в нормальной ткани у пациентки с раком молочной железы

Рён Нам Ким

Несмотря на то, что многочисленные предыдущие исследования пролили новый свет на соматические драйверные мутации в раковых тканях, механизм злокачественной трансформации нормальных тканей в раковые, вызванный мутацией, все еще остается загадочным. В этом исследовании мы провели полноэкзомный анализ парных нормальных и раковых образцов от 12 пациентов с раком молочной железы, чтобы выяснить постзиготическую мозаичную мутацию, которая может предрасполагать к канцерогенезу молочной железы. Мы обнаружили постзиготическую мозаичную мутацию PIK3CA p.F1002C с 2% вариантной аллельной фракцией (VAF) в нормальной ткани, чей соответствующий VAF в соответствующей ткани рака молочной железы увеличился на 20,6%. Такое расширение вариантной аллельной фракции в соответствующей раковой ткани может указывать на мозаичную мутацию в связи с причинной обусловленностью, лежащей в основе канцерогенеза молочной железы. Постзиготическая мозаичная мутация оценивается как вредная с помощью хорошо зарекомендовавших себя программ аннотации вариантов SIFT_pred, Polyphen2_HDIV_pred, Polyphen2_HVAR_pred, LRT_pred, MutationTaster_pred, PROVEAN_pred, fathmm. MKL_coding_pred, MetaSVM_pred и MetaLR_pred. Кроме того, у этих пациентов мы обнаружили 61 вредную и патогенную мутацию, включая 22 мутации stop-gain, 12 мутаций с сайтом сплайсинга, 13 мутаций со сдвигом рамки и 7 не синонимичных мутаций. Выполняя анализ мутационных сигнатур, мы идентифицировали три мутационные сигнатуры, лежащие в основе канцерогенеза молочной железы, включая APOBEC цитидиндеаминазу и дефектную репарацию несоответствий ДНК. В совокупности эти результаты свидетельствуют о том, что, в дополнение к соматическим драйверным мутациям, постзиготическая мозаичная мутация может быть критической целью, которая заслуживает предварительного внимания при установлении причин, лежащих в основе канцерогенеза молочной железы в ближайшем будущем.