Журнал ветеринарных наук и медицинской диагностики

Анализ кластера тенденций на основе базы данных глубокого секвенирования для изучения механизма реакции эндотелиальных клеток пупочной вены свиней на заражение вирусом классической чумы свиней

Сяочэн Гун, Синь Ю, Сюэпэн Ли, Аосюэ Ху, Чжунсин Ву, Цзюнь Хэ и Пэнбо Нин

Эндотелиальная клетка является одной из основных целей заражения вирусом классической чумы свиней (CSFV), который вызывает классическую чуму свиней (CSF). Хотя патогенез CSF изучается уже давно, все еще необходим новый метод для выяснения лежащего в основе механизма. Геномный анализ, основанный на глубоком секвенировании, дает возможность для дальнейших исследований механизма заражения CSFV. В этой работе были разработаны кластерный анализ тенденций и биоинформатический анализ для интерпретации значимых генных реакций эндотелиальных клеток на CSFV. Были идентифицированы ключевые гены, способствующие CSFV Shimen, отличающиеся от заражения CSFV C и контроля. Анализы GO (генная онтология) и KEGG предполагают, что заражение CSFV Shimen вызвало изменения в биологических процессах, таких как цитоплазматическая секвестрация NF-kappaB, регуляция апоптотического процесса и сигнальный путь toll-like рецептора 4. И был значительный ответ от сигнального пути PI3K-Akt, вирусного миокардита, сигнального пути пролактина и т. д. во время заражения Шимен. Анализ тенденций на основе серийно-кластерной базы данных для глубокого секвенирования дал лучшую интерпретацию для CSFV Шимен, что дало более ценную информацию для понимания развития КЧС.