Журнал исследований крови и гематологических заболеваний

Успешное секвенирование нового поколения (NGS) для анализа экзома из образцов опухолевой ткани, фиксированных формалином и залитых парафином (FFPE)

М. Луиза Вильяэрмоса

Фиксированная формалином и залитая парафином опухолевая ткань (FFPE) вероятно, будет предпочтительным выбором для сохранения тканей в клинической практике для анализа секвенирования следующего поколения (NGS). Эффективность секвенирования экзома из ткани FFPE зависит от количества и качества извлеченной ДНК. Для получения точных данных NGS мы внедрили специальный протокол для получения точного секвенирования экзомов. Мы проанализировали 21 образец ткани, полученный при диагностике от пациентов с солидными опухолями, с помощью Ion ampliseqTM Exome RDY (Thermofisher) с целью обнаружения зародышевых вариантов. Концентрация геномной ДНК (гДНК) была количественно определена с помощью флуориметрии Qubit®, а ее качество было определено с помощью RNase P Taqman. Были получены правильные библиотеки NGS с учетом статуса деградации: мы увеличиваем количество гДНК для выполнения библиотеки в соответствии с данными, полученными с помощью анализа RNase P в каждом образце.