Журнал ветеринарных наук и медицинской диагностики

Исследование штаммов вируса инфекционного бронхита с помощью ОТ-ПЦР в реальном времени и секвенирования гена S1 у бройлеров

Энгин Алп Онен и Якут Озгур

В этом исследовании целью было обнаружение вируса инфекционного бронхита (IBV) из образцов мазков из трахеи кур с помощью ОТ-ПЦР в реальном времени, который был представлен как быстрый и чувствительный метод обнаружения вируса. Были определены филогенетические связи в различных полевых и вариантных штаммах IBV путем секвенирования гипервариабельных областей (HVR) гена S1 IBV. Трахеальные мазки были взяты у 120 бройлерных цыплят с респираторными признаками случайным образом. Образцы были инокулированы в аллантоисную жидкость (AF) куриных яиц с эмбрионами SPF. РНК были извлечены с помощью AF. РНК были транслированы в одноцепочечные ДНК. ОТ-ПЦР в реальном времени была проведена с двойным меченым зондом Taqman, парами праймеров IBV 5 GU391 и IBV5 GL533. Положительные результаты были получены в 33 образцах из 120 (27,5 %) с помощью ОТ-ПЦР в реальном времени. cDNA из положительных образцов использовались для амплификации HVR (гипервариабельных областей) в области гена S1 с праймерами C2U и Ag0723. Образцы также амплифицировались праймерами S1 5'mod и CK2. Продукты ОТ-ПЦР были секвенированы напрямую. Результаты секвенирования были сравнены с базой данных нуклеотидов NCBI. Результаты секвенирования были сопоставлены с некоторыми вариантными штаммами IBV в базе данных банков генов со скоростью 72-86 %. Эти результаты подтверждают, что мы столкнулись с вариантными штаммами IBV. Кроме того, мы наблюдали много мутаций SNP в выравнивании. Это исследование показывает, что птицы могут быть инфицированы вариантными штаммами IBV со скоростью 27,5 %, хотя они были вакцинированы классической вакциной. Эти результаты показывают, что вакцинация классическими вакцинными штаммами IBV не может обеспечить достаточную перекрестную защиту от вариантных штаммов. Поэтому вспышки заболевания все еще происходят в вакцинированных стаях. Кроме того, мы обнаружили, что этих праймеров недостаточно для секвенирования и классификации всех полевых штаммов IBV. Таким образом, необходимо разработать разные праймеры и использовать пары праймеров более двух. В этом эксперименте мы обнаружили, что вирусная нагрузка больше в AF, чем в образцах мазков из-за репликации IBV в AF яиц SPF. Мы наблюдали карликовость и кровоизлияния у 14-дневных куриных эмбрионов